NAMDはTheoretical and Computational Biophysics Group (TCB)とParallel Programming Laboratory (PPL)らに研究者によって開発されている、
大規模な並列計算を効率よく行えるように設計された分子動力学アプリケーションです。
MPI, OpenMPなどのCPU並列計算からGPU, Xeon Phiなどのアクセラレータまでさまざまな並列環境で実行することができます.


株式会社オーティビーではNAMDをインストールした並列計算システムを全国販売しております.


NAMDは生体分子に関する分子動力学シミュレーションを行なうためのソフトウェアです。Charm++ parallel objectにもとづき,大規模な生体分子システムについて高性能なシミュレーションを行なえるように設計されています。
NAMDではCharm++を使ったMPIによる並列計算を行うことで大規模なクラスタなどでの効率のよい並列計算が行えるようになっているだけでなく,GPUなどのアクセラレータやデスクトップPCでのマルチコア並列にも対応しています。
従来からCUDAによるGPUのサポートが行われていましたが、バージョン2.10からXeon Phiをサポートしています。

ここではIntel Xeon CPUとIntel Xeon Phi 31S1Pを使ったベンチマーク結果について紹介します.
ベンチマーク対象の問題として,NAMDのWebサイトからダウンロードできるデータを使用しています.
http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/utilities/

 

CPU・Xeon Phiベンチマーク
分子動力学NAMDにおけるXeon Phi 31S1Pの利用方法とベンチマーク結果等

NAMDとXeon Phi 31S1Pを実装するOTB計算機のベンチマーク実行環境

分子動力学NAMDにおけるXeon Phi利用方法

NAMDとXeon Phi 31S1Pのベンチマーク方法と実行例

NAMDにおけるXeon Phi 31S1Pのベンチマーク結果(ApoA1)

NAMDにおけるXeon Phi 31S1Pのベンチマーク結果(STMV)

NAMDにおけるXeon Phi 31S1Pのベンチマーク結果まとめ

 

 
ハードウェア:
 
スタンドアローンPC  (OTB製サーバ等
 
MPIクラスター (OTB製
   
 
コンパイラ:GNU,インテルコンパイラに対応します.当社はインテル ソフトウェア開発製品の販売代理店です.
   
 
システム構築: OTBで行います.可視化ソフトなどの周辺ツールについてもご相談承ります.
   
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